Por su parte, el Estado, lideró acciones violentas, incluídos los fusilamientos sumarios, desde el `55 contra toda facción que expresase inclinaciones populares contrarias al nuevo orden. Frente a la imposibilidad de encontrar una salida política, algunos grupos peronistas y de la izquierda , influenciados por ideales revolucionarios que encontraban como única alternativa para acceder poder el uso la fuerza, comenzaron a desplegar un accionar cada vez más violento
Hacia 1960, se implementó el plan Conintes, que permitía a las Fuerzas Armadas actuar en asuntos internos que antes estaban en la órbita de la policía, brazo armado de la justicia. Esta situación se institucionalizó mediante un cuerpo legal represivo integrado por leyes penales comunes y militares de competencia federal, provincial y municipal, que se entregó discrecionalmente en manos de oficiales de las Fuerzas Armadas para su aplicación, sin posible remedio, recurso o controlador.
Frente a la violencia del Estado, algunos grupos fueron radicalizando sus acciones. La respuesta del Estado fue cada vez más violenta y más sombría. Bajo el gobierno interino de Lastiri, en 1973, el entonces ministro de Bienestar Social, José López Rega, creo la Alianza Anticomunista Argentina (conocida como la " Triple A") .Un grupo paramilitar integrado por policías, militares y grupos de inteligencia que actuaban desde el subsuelo del ministerio. Su orientación ideológica era de extrema derecha. Sus prácticas se basaban en el asesinato de artistas, intelectuales, estudiantes, historiadores, sindicalistas y políticos de izquierda . Sus métodos de acción buscaron instalar el terror mediante las amenazas, las ejecuciones sumarias y la desaparición forzada de personas durante la década.
La reacción de los grupos opositores más extremos fue el pase a la clandestinidad y la respuesta al terrorismo de Estado fue la guerra de guerrillas. El golpe de Estado del 24 de marzo de 1976 estableció la dictadura más sangrienta de nuestra historia. El terrorismo de Estado se orquestó como parte del Plan Condor, el plan de coordinación de operaciones entre las cúpulas de los regímenes dictatoriales del Cono Sur de América (Chile, Brasil, Argentina, Uruguay, Paraguay y Bolivia) con el apoyo de la CIA de Estados Unidos.
Se plasmó en una organización clandestina internacional para la práctica del terrorismo de Estado y tuvo como resultado el asesinato y desaparición de decenas de miles de opositores a las mencionadas dictaduras.
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