Los movimientos contrarios al Estado Central se originaron por distintos motivos y fueron impulsados desde distintos grupos sociales. En el interior y el Litoral, los movimientos de resistencia estuvieron encabezados por caudillos federales que reclamaban medidas para mejorar las condiciones de vida en sus provincias. En la provincia de Buenos Aires, fueron lideradors por los grupos autonomistas se oponían a la federalización de la ciudad de Buenos Aires.
Las autoridades nacionales tuvieron diferentes respuestas frente a estas resistencias y alzamientos, reprimieron a los primeros utilizando la violencia militar, y, en el caso de Buenos Aires, establecieron acuerdos y compromisos con los autonomistas porteños que gobernaban la provincia de mayor poder económico.
Entre 1862 y 1863, “El Chacho” Peñaloza se rebeló contra el gobierno central en La Rioja. En 1863 le escribió al Presidente Mitre: “No se han cumplido las promesas hechas tantas veces a los hijos de esta desgraciada patria. Los gobernantes se han convertido en verdugos de las provincias, atropellan las propiedades de los vecinos y destierran y mandan a matar sin juicio a ciudadanos respetables por haber pertenecido al Partido Federal”. Las fuerzas nacionales derrotaron a las tropas montoneras y el Chacho fue muerto a lanzazos en noviembre de 1863.
En 1866, Felipe Varela, quien había sido lugarteniente del Chacho Peñaloza, lideró un movimiento contra el gobierno nacional que se extendió por las provincias de Cuyo, Córdoba y Catamarca. En su proclama de 1866 afirmaba que…”Desde que Mitre usurpó el gobierno de la Nación, el monopolio de los tesoros públicos y la absorción de las rentas provinciales vinieron a ser patrimonio de los porteños, condenando al provinciano a cederles hasta el pan que reservaba para sus hijos. Ser porteño es ser ciudadano exclusivista y ser provinciano es ser mendigo sin patria, sin libertad, sin derecho.”. También se opuso a la participación del país en la guerra del Paraguay por considerar que se destruía la unión americana en beneficio de Gran Bretaña. Nuevamente el ejército nacional debió combatir a las montoneras que fueron derrotadas y Varela abandonó el país en 1869.
Entre 1870 y 1873, Ricardo López Jordán, gobernador de la provincia, encabezó en Entre Ríos levantamientos que desafiaron al gobierno central. Se oponía a la unificación política y a la centralización de la autoridad estatal. Sarmiento, presidente desde 1868, había manifestado públicamente que estaba dispuesto a hacer cumplir la Constitución en todos sus aspectos y que, para lograrlo no haría diferencias entre amigos y enemigos. Con este fin aprobó la pena de muerte para los desertores del ejército y para los caudillos tomados prisioneros.
La falta de trabajo regular estimuló la formación de montoneras como un medio para obtener recursos para la subsistencia. La situación económica en las provincias era asfixiante y el gobierno central no tenía interés en desarrollar políticas destinadas a impulsar el desarrollo económico. Por este motivo, en algunas provincias creció el apoyo popular a algunos antiguos jefes federales que fueron liquidados por el ejército nacional.
En 1862, luego de la apertura de las sesiones del Congreso Nacional, fue aprobado un proyecto elevado por Mitre que proponía federalizar toda la provincia de Buenos Aires. La legislatura de la provincia de Buenos Aires rechazó el proyecto y se opuso también a la federalización de los territorios de la Ciudad de Buenos Aires. En la provincia de Buenos Aires se dividieron las opiniones entre autonomistas y nacionalistas. Los primeros se oponían a que se federalizara cualquier territorio de la provincia o la Ciudad de Buenos Aires.
En un principio se llegó a un acuerdo “de compromiso” por el cual la legislatura aceptó que las autoridades residieran en Buenos Aires por cinco años hasta que se resolviera el conflicto. Transcurrido este plazo, desde 1867 hasta 1880 el gobierno nacional presidido por Sarmiento y luego por Avellaneda permaneció en la ciudad en calidad de “huésped”.
Los nacionalistas tenían mayoría en el Congreso Nacional pero los autonomistas tenían la mayoría en la legislatura provincial. El conflicto se resolvió por la fuerza en 1880, las tropas de Buenos Aires al frente del gobernador Carlos Tejedor, se enfrentaron al Ejército Nacional al mando de Julio A. Roca, presidente electo, quien derrotó a los autonomistas tras sangrientos enfrentamientos y, el 20 de septiembre de 1880, se sanciona la federalización de Buenos Aires y su aduana. Este año marca el fin del último levantamiento contra el Estado Nacional.